Carrière politique  

Durant la période transitoire post-Conférence nationale (1990), Maganga Moussavou est, pour six mois, Commissaire général à l’Aménagement du territoire. Le Parti social-démocrate (PSD), formation politique dont il est le leader/fondateur, a été entre-temps porté sur les fonts baptismaux. Le parti se positionne à cette époque comme l'un des pôles de l'opposition radicale, ce qui déplaît vivement à Omar Bongo, qui le limoge de son poste.

Pierre-Claver Maganga Moussavou se présente à la présidentielle de 1993, où il obtient 3.6 % des voix. Cette élection est la première élection multipartite depuis 1967. Les résultats officiels annoncent la victoire d'Omar Bongo, avec 51 % des voix. Ces résultats sont vivement contestés par l'opposition, ainsi que par la population. Des manifestations éclatent, réprimées dans le sang. Des centrales syndicales se mettent en grève pour soutenir l'opposition, de violentes émeutes ont lieu, en particulier à Libreville, Port-Gentil et Oyem. Différents leaders d'opposition se rassemblent sous la dénomination Haut Comité de la Résistance, dont Pierre-Claver Maganga Moussavou. Des négociations sont entamées entre ce comité et les partisans d'Omar Bongo, des négociations qui aboutissent aux accords de Paris d'octobre 1994. Pierre-Claver Maganga Moussavou y appose sa signature pour le parti social-démocrate (PSD).

Après les accords de Paris, Maganga Moussavou entre au gouvernement comme ministre d’État chargé de la Planification. Fait sans précédent dans l’histoire du Gabon, il claque la porte du Gouvernement pour marquer son désaccord par rapport à certaines déviations relatives aux fameux « Accords de Paris ».

Manganga Moussavou se porte à nouveau candidat à la présidence de la République en 1998. En 2002, à la faveur d’un gouvernement d’ouverture, il est nommé Ministre d’État chargé de Missions et de la Refondation. Il est limogé quelques mois plus tard, en 2003. En septembre 2004, suite à l’adhésion de son parti à la majorité présidentielle, il est rappelé au Gouvernement en qualité de ministre d’État chargé de Missions et de la Refondation. Poste qu’il occupe jusqu’en mars 2007, ensuite il est nommé ministre d’État, ministre des Transports, de l’Aviation civile et du Tourisme jusqu’en février 2008.

À partir de janvier 2008, il occupe les fonctions de ministre de l’Aménagement du territoire de l’Évaluation des politiques publiques, chargé de l’Artisanat.

En 2009, Pierre-Claver Maganga Moussavou se présente à l'élection présidentielle, où il ne récolte que 0,76 % des suffrages. Malgré ce faible score, il se présente à nouveau à l'élection présidentielle de 2016 et n'obtient que 0, 32% des voix. Contrairement à Casimir Oyé Mba et Guy Nzouba-Ndama, il avait refusé de se désister au profit de Jean Ping afin de présenter un front d'opposition uni face à Ali Bongo.

Il est élu député de la ville de Mouila en 2006.

Pierre Claver Maganga Moussavou est candidat à l'élection présidentielle de 2023. Toutefois, le collectif « Alternance 2023 », qui regroupe les principaux partis d'opposition, choisit de désigner un candidat unique, Albert Ondo Ossa, qui devient le principal candidat de l'opposition face à Ali Bongo. Le Parti social-démocrate de Pierre Claver Maganga Moussavou fait partie de l'Alternance 2023 mais ce dernier refuse de retirer sa candidature au profit du candidat da la plateforme alternance 2023.